Le 27 janvier 1983 débute le creusement dans le détroit de Tsugaru 津軽海峡 du futur tunnel ferroviaire sous-marin, kaitei tetsudô tonneru 海底鉄道トンネル, Seikan 青函 qui va relier les îles d'Honshû 本州 et d'Hokkaidô 北海道. Il tire son nom, Seikan 青函, de celui des villes qu'il relie : Aomori 青森 et Hakodate 函館.
D'une longueur de 53,85 km, la ligne ferroviaire est inaugurée le 13 mars 1988, trois ans après la fin du percement du tunnel, le 10 mars 1985.
Sa conception remonte au début des années 30 mais les études de faisabilité n'ont débuté qu'en 1964 après le terrible naufrage du Tôya, Tôya-maru 洞爺丸, le 26 septembre 1954. Le ferry, qui opérait la liaison maritime entre Aomori et Hakodate, la Seikan renraku-sen 青函連絡船, s'est retourné puis a sombré après avoir été pris avec d'autres navires dans un typhon, taifu 台風, originaire de Kyûshû qui avait atteint les rivages d'Hokkaidô. L'eau s'est engouffrée à l'avant du navire où s'effectuait alors l'embarquement des véhicules, rendant ce type de bateau peu sûr en cas de mauvais temps.
Ce fut la plus grande catatrosphe maritime japonaise avec 1.155 victimes décédées, la seconde plus grande dans le monde.
A sa construction, le tunnel Seikan était le plus long du monde mais il a été supplanté, depuis le 15 octobre 2010, par le tunnel de base du Saint Gothard, d'une longueur de 57 km, actuellement en cours de construction en Suisse.
Le tunnel Seikan reste, à ce jour, le plus long encore en exploitation puisque la mise en service du nouveau tunnel du Saint Gothard est prévue fin 2016 ou début 2017.
Il est aussi le tunnel le plus long du monde avec une partie sous-marine (d'une longueur de 23,3 km) mais le tunnel sous la manche, qui est plus court dans sa longueur totale, possède la section construite sous les fonds marins la plus longue du monde avec 37 km (pour une longueur totale de 50,5 km).
Son point le plus profond est de 240 m sous le niveau de la mer.